Google App Engine es la plataforma de Google para los desarrolladores que tienen ansias de explotar sus capacidades para sus aplicaciones en Python y Java en la nube. Al ser una plataforma abierta se han desarrollado plugins para los entornos de desarrollo como Netbeans o Eclipse que facilite la interacción y sea aprovechado al máximo, tanto que se puede emular localmente o directamente deployarlo a la plataforma.
Tenía desarrollando una pequeña aplicación de ejemplo (que no era la gran cosa) para un poco configurar el plugin de Netbeans (en Eclipse funcionaba perfectamente) y eventualmente darle un fin informático. Hice todas las conexiones tomadas de la página de Kenai (quien proporciona el plugin de GAE para Netbeans) y configuré el plugin adecuadamente y entonces sólo me quedaba empezar a programar.
Todo iba bien hasta que a la hora de deployar o dicho de otra forma, “subir mi aplicación a la nube”, ocurría un error de la plataforma (no de mi aplicación en específico) el cual tenía este aspecto:

Sin ser la demás información relevante, la plataforma compilaba mis archivos hasta un 8% y luego me mostraba el error de que no podía “compilar” el proyecto por no encontrar el compilador de Java… (se mostraba frecuentemente entre los parrafos el error “Unable to update app: Failed to compile jsp files.”) y me rompía la cabeza queriendo encontrar el problema entre los archivos de mi aplicación, las configuraciones del servidor e incluso reinstalando todo, hasta que en los foros de Google encontré que este error es tan común como tan simple.
Existe la posibilidad de que el plugin no reconozca de primeras la instalación que tengas de Java por un simple error en los archivos de configuración el cual redirigen a un parámetro equivocado. En buen cristiano, el plugin de GAE no sabe dónde está tu instalación de Java.
Para solucionarlo, sólo basta ir a donde sea que has desempaquetado tu SDK del Google App Engine (que previamente has bajado de aquí) e ir a este archivo:
[folder SDK GAE]\bin\appcfg.cmd

Al ser un archivo de extensión .CMD, vas a tener que abrirlo con un editor de texto (bloc de notas está bien) y entonces encontrarás esta línea:
java -cp "%~dp0\..\lib\appengine-tools-api.jar" com.google.appengine.tools.admin.AppCfg %*
Como se podrán imaginar, el plugin al tener escrito en ese archivo solamente la palabra “java” intentará ir a una ubicación default que posiblemente haya cambiado (dependiendo tu instalación de Java y que versión hayas bajado), para solucionarlo sólo bastará cambiarlo por:
"C:\Program Files\Java\[la carpeta de tu versión de java]\bin\java" -cp "%~dp0\..\lib\appengine-tools-api.jar" com.google.appengine.tools.admin.AppCfg %*
Y guardarlo.
Luego tendrás que copiar la librería de herramientas de Java a las librerías del SDK del plugin por lo que tendrás que copiar este archivo:
[instalación de Java]\lib\tools.jar
A esta ubicación:
[folder SDK GAE]\lib\shared

Y una vez terminado, técnicamente tu aplicación ya debería poder deployarse en la plataforma de Google App Engine. (Si luego les pide un password y una contraseña, deben colocar la de su cuenta de App Engine).
Saludos!!!
Nota: En Eclipse suele suceder también, como muestra la imagen:

Pero la solución es la misma.